O Gabinete de Controlo Interno é o órgão responsável pelos processos de verificação de carácter económico-financeiro-contabilística e Inspecção Pedagógica e Administrativa da Universidade, o gabinete de Auditoria Interna é dirigido por um director dos serviços centrais de Universidade, compete ao Gabinete de Controlo Interno, exercer a inspecção e fiscalização da actividade das unidades orgânicas e dos serviços centrais fiscalizar a legalidade da organização e do funcionamento das unidades orgânicas e órgãos centrais fiscalizar a implementação de planos, programas e políticas da Universidade fiscalizar o cumprimento dos planos de acção no âmbito da implementação da Estratégia da Universidade fiscalizar a aplicação do Estatuto Geral dos Funcionários e Agentes do Estado, do respectivo Regulamento, do regulamento do Subsistema de Carreiras e Remuneração e de outra legislação aplicável a gestão de recursos humanos fiscalizar a aplicação dos estatutos, regulamentos internos das unidades orgânicas e dos órgãos centrais, verificar a legalidade dos actos administrativos praticados pelos servidores públicos fiscalizar a implementação de planos de desenvolvimento das unidades orgânicas e dos órgãos centrais fiscalizar a gestão dos recursos humanos, materiais e financeiros posto à disposição da Universidade emitir pareceres sobre a conta de gerência, realizar inquéritos e sindicâncias determinados por entidade competente monitorar o cumprimento das recomendações deixadas pelas missões de fiscalização, inspecção e de auditorias administrativas e financeiras, elaborar relatórios de petições e monitorar o seu tratamento realizar acções de natureza educativa e preventiva em matéria de organização e funcionamento da Universidade, promover acções de divulgação de legislação aplicável no exercício da actividade de fiscalização, inspecção, auditorias administrativas e financeiras emitir pareceres sobre diversas matérias relacionadas com o funcionamento da Universidade, exercer outras funções decorrentes da lei, o Gabinete de Controlo Interno compreende os departamentos de auditoria e inspecção Administrativa, e, ainda a repartição de Administração Interna.